eDentity: een nationale eDNA-infrastructuur

Janus G3 robot

Stel je een wereld voor waarin we snel en kostenefficiënt alle soorten in één enkel monster kunnen identificeren. Het eDentity-programma van Naturalis ontsluit de kracht van eDNA-analyse voor geavanceerde biomonitoring, door schaalbare DNA-metabarcodingoplossingen te integreren met hoogwaardige referentiedatabases. Deze innovatieve aanpak maakt het mogelijk om grote hoeveelheden bodem-, water- en luchtmonsters snel en betaalbaar te analyseren — essentieel voor beleidsmakers, onderzoeksinstellingen, natuur- en milieuorganisaties, en bedrijven die vertrouwen op nauwkeurige biodiversiteitsdata voor behoud en milieubeheer.

Dit project wordt momenteel geleid door Reinier van der Geest, projectmanager eDentity. 
mail)

Wetenschappelijk directeur Vincent Merckx is nauw betrokken bij het project.

52.166196450925, 4.47349645

Waarom
eDentity?

Traditionele methoden voor soortidentificatie zijn tijdrovend en vereisen gespecialiseerde expertise. Met behulp van krachtige technologie is het tegenwoordig mogelijk om verschillende soorten in één monster - bijvoorbeeld een schepje aarde of een buisje water - op te sporen. Dat doe je aan de hand van DNA-sporen die ze achter laten in hun omgeving, het zogeheten environmental DNA (eDNA). eDentity stroomlijnt dit proces, waardoor grootschalige en vrijwel real-time monitoring van biodiversiteit in Nederland mogelijk wordt. Met als doel om binnen drie jaar 75.000 monsters te verzamelen, bouwen we aan een nationale referentiedatabase van de Nederlandse biodiversiteit.

De planning
van eDentity

In 2028 leveren we een onderzoeksinfrastructuur op waarmee grote hoeveelheden eDNA samples met gestandaardiseerde procedures geanalyseerd kunnen worden. De infrastructuur is in staat om alle stappen van het analyseproces te kunnen faciliteren; van sampling tot en met data-analyse, data interpretatie en rapportage. De data voldoen aan vooraf vastgestelde kwaliteitseisen, we hanteren een snelle doorlooptijd en de eDNA metabarcodingfaciliteit is in staat, met een minimale uitvaltijd, zeer hoge aantallen samples te verwerken.

  • Midden 2025 zal alle benodigde apparatuur van onze labfaciliteit operationeel zijn.
  • De digitale infrastructuur van Naturalis voor het analyseren en verwerken van alle verkregen data wordt eind 2025 opgeleverd. Na 2025 zal deze digitale infrastructuur verder worden doorontwikkeld om een volledig geautomatiseerd proces te implementeren.
  • We streven ernaar de eerste gegevens eind 2025 beschikbaar te hebben.

We zijn op zoek
naar partners

Vele tienduizenden samples verzamelen is een flinke uitdaging! We zijn dan ook op zoek naar samenwerkingspartners die, net als Naturalis, de behoefte hebben om grootschalig biodiversiteitsonderzoek uit te (laten) voeren. In eerste instantie gaan we het gesprek aan met overheden, uitvoeringsorganisaties en terreinbeheerders met lopende monitoringsprogramma’s. 

Deelnemer worden?

Zet me op jullie mailinglijst

Minister Dijkgraaf taking a soil sample
Samples in IJmuiden

Informatie &
documentatie

Als je al partner bent in eDentity, dan is hier een pagina met handleidingen, documentatie en andere informatie die handig is om te hebben. 

Informatie voor deelnemers

eDentity sampling kit
small tube with soil sample

Veelgestelde
vragen

  • Wat is eDentity precies?
    eDentity maakt gebruik van environmental DNA (eDNA)-technologie om biodiversiteitsdata op een niet-invasieve en uiterst efficiënte manier te verzamelen en te analyseren. Deze aanpak biedt waardevolle inzichten in de flora en fauna van Nederland, zonder ecosystemen te verstoren. Met steun van het Ministerie van Economische Zaken en Klimaat ontwikkelt eDentity een state-of-the-art faciliteit die in staat is om duizenden monsters per jaar te verwerken. Dit initiatief vormt een stevige basis voor datagedreven beleidsbeslissingen en natuurbescherming.
     
  • Wat gebeurt er met de gegevens?
    De gegevens die we verzamelen via bodem-, water- en luchtmonsters worden zorgvuldig opgeslagen en verwerkt door Naturalis. Alle data worden gedeeld volgens het FAIR-principeFindable, Accessible, Interoperable en Reusable. Dat betekent dat ze op een transparante en gestructureerde manier beschikbaar komen. We anonimiseren gegevens waar nodig. De inzichten dragen bij aan een beter begrip van biodiversiteit in Nederland — en zijn dus van waarde voor iedereen die met natuur en leefomgeving werkt.
     
  • Hoe wordt mijn locatie geselecteerd?
    Om een representatief beeld van de biodiversiteit in Nederland te krijgen, streven we naar een zo volledig mogelijke geografische spreiding én een brede variatie. We benaderen actief partners in verschillende regio’s en ecosystemen — van natuurgebieden en agrarische gronden tot stedelijke zones en waterrijke omgevingen. Samen bepalen we of en hoe jouw locatie past binnen het landelijke netwerk van eDentity.
     
  • Kan ik als particulier meedoen?
    Op dit moment is deelname alleen mogelijk voor organisaties en niet voor privé-personen. We richten ons in deze fase op het opzetten van een solide digitale infrastructuur en het inrichten van een laboratoriumfaciliteit die 75.000 monsters uit heel Nederland kan verwerken. Daarbij ligt de focus op het opbouwen van een representatief netwerk van analyselocaties in samenwerking met partners. Heb je als particulier toch interesse? Laat het ons weten — we denken graag met je mee of verwijzen je door naar gerelateerde initiatieven.
     
  • Wat gaat eDentity niet doen? 
    Omdat we binnen eDentity gebruik maken van een klein beetje bodem of lucht kunnen we geen 100% zekerheid geven over de aanwezigheid of afwezigheid van een soort. Om dit zogenaamde sampling effect te minimaliseren proberen we meerdere samples in een bepaald gebied af te nemen, op verschillende tijdstippen. De metabarcoding technologie kan ook niets zeggen over de absolute hoeveelheid individuen van een soort in een environmental sample of de functies van soorten in het ecosysteem.  
     
  • Wat hebben we aan een nieuwe infrastructuur als we maar ongeveer de helft van de soorten op naam kunnen brengen  door middel van DNA analyse?
    Naturalis is op dagelijkse basis druk met het uitbreiden van de DNA-referentiedatabase van Nederlandse (eukaryote) soorten. Dit doen we met ARISE maar ook met onze omvangrijke natuurhistorische referentiecollectie waarin veel Nederlandse soorten zijn opgenomen. Maar ook soorten die we (nog) niet op naam kunnen brengen, zullen we met deze infrastructuur kunnen monitoren. 
     
  • Kijken jullie alleen naar meercellige soorten? Die zijn in de minderheid!
    Dat klopt. eDentity richt zich vooralsnog niet op analyse van bacteriën en virussen. Andere instituten, zoals het RIVM, gebruiken metabarcoding voor het analyseren van deze groepen. De data die zowel Naturalis als het RIVM genereren zijn daarin complementair.